시크릿 플라워는 마녀 부활을 막았지만 마녀의 세계로 연결된 문이 열린 사이에 마녀 벨라와 디아, 블로라는 작은 악마들이 인간 세계에 오게 된다. 벨라와 디아, 블로는 마법의 보석인 사피를 반 쪽씩 나눠 가진 채 서로 떨어지게 되고, 디아, 블로는 벨라를 찾아 시크릿 타운에 가게 된다.
한편, 마법의 보석 중 일부인 블랙 사피와 우연히 접촉하게 된 쥬쥬는 갑자기 몸이 작아지는 마법에 걸리게 되고, 기억을 잃어버린 마녀 벨라는 릴리와 친구가 된다. 벨라가 마녀 인 줄도 모르고 기억을 되찾을 수 있게 도와주는 릴리! 하지만 시크릿 플라워의 도움으로 기억을 되찾은 벨라는 사피를 되찾기 위해 시크릿 플라워와 동화나라를 위험에 빠뜨리려하는데….
과연, 시크릿플라워는 마녀로 부터 동화나라를 구하고 마법 세계의 보석인 사피를 지킬 수 있을까? 기억을 잃어버린 청순한 마녀 벨라와 시크릿 플라워의 위험한 우정, 그리고 신비한 보석인 사피를 둘러싼 마법 이야기가 펼쳐진다.